佛经的校勘与集注必须特别审慎的进行，因此将本书编辑时采用的方法略述于本章，提供给对于编辑准则有兴趣的朋友参考，以昭公信。一般读者可径行跳过此章。
本书的重点为“经文”本身，附带的内容如“注解”、“导读”等，都期许以严谨的态度加以求证，白话内容旨在协助理解经典，培养每位读者深入经藏的能力，而不必依赖编者的诠释，因此白话内容必须基于确实的经文依据。
“注解”皆以经解经而求证，每卷皆经过最少四位编辑的交叉检验，以期避免断章取义或有疑义之处。每卷的编辑当中最少二位老参，作义理上的查核，其余则可以是新学，协助检验内容是否能让初学者理解。全书共有十多位编辑合作完成各卷初稿及相关搜查比对，再由总编辑及副总编辨正、修订、整合、最终定稿。也因此从初稿完成后，历时五年才产生第一册的完稿。
在以经解经的方法而言，若于阿含藏有定义的专有名词，即以阿含藏内的定义为准；若阿含藏内没有明确定义，则同时参照汉译各版三藏以及南传的相对应经文，交叉比对。这当中CBETA电子佛典扮演了相当重要的角色，方便编辑们调出各版藏经以厘清名词定义，南传的相对应经文则主要参考《杂阿含经南北传对读》、《汉译南传大藏经》、《The Connected Discourses of the Buddha: A Translation of the Samyutta Nikaya》。
另外也运用古今佛学工具书，如《一切经音义》、《续一切经音义》、《翻梵语》、《翻译名义集》、《释氏要览》、《诸经要集》、《法苑珠林》等古书，搭配近代的《丁福保佛学辞典》、《佛光大辞典》、《杂阿含经论会编》、《佛光大藏经阿含藏》、《汉译阿含辞典》、《中华佛教百科全书》、《陈义孝佛学常见词汇》、《南山律学辞典》等，以期择各家之长，用浅显易懂的白话加以解释。在此过程中也开发了“一行佛学辞典搜寻”系统： http://buddhaspace.org/dict/ ，方便诸方线上查询特定专有名词在各佛学工具书中的解释。
为让读者能轻易读懂经典，进而闻思修、信受奉行，本书内容避免玄虚的用语，而采易懂又不失原意的白话用词。若特定的名词诸方看法不同，则尽量以客观的立场选取初学者容易理解又合理的解释，其中若有复杂的辩经或辨证内容则列于线上“进阶辨正”栏，供有意深究细节的读者探索。若各佛学工具书都没有某专有名词的白话解释，则向诸方征求厘清，在网络上开启讨论，并向法师大德请益，遵循依经、依律的原则辨正，书末的“志谢”一节即列出除了编辑群外曾贡献过宝贵意见的一些法师大德。
在经文文字上，特别感谢“中华电子佛典协会（CBETA）”的努力，而有完整的校勘。CBETA 的大藏经费时十年，其中《杂阿含经》是以大正藏为底本，而大正藏则以高丽藏为底本，并对校宋本、元本、明本，部分参考圣本、金刚峰寺本，少数校勘 CBETA 亦参考了永乐北藏及碛砂藏，或根据前后文修改用字。校勘的详细资讯皆详载 CBETA 及本书中。部分难句为确认意义，也参考巴利藏各中、英译本。
各小经的“对应经典”则以香光尼众佛学图书馆“南传大藏经目录检索系统”的经目对照数据库为底本，一经一经地比对“Suttacentral.net”、“杂阿含经南北传对读”的线上资料（这些资料则已参考了《杂阿含经论会编》的对应经典、《佛光阿含藏》的经典对照表、赤沼智善的《四部四阿含互照录》），找出相异处加以讨论辨析，并通知前述线上数据库的管理人员，以作修正的参考。
若读者有对本书的斧正或建议，还请不吝至“台大狮子吼佛学专站”发文提出讨论，以使本书内容更斟完善。
为方便读者的阅读，本书采用新式标点符号。
本书集诸多学者的研究和编辑们的审阅，修正了许多《大正藏》中过往日本学者所标示断句的错误，以及其余版本新式标点忽略的部分。所有标点修正之处，皆已和CBETA沟通取得共识，最新版的电子大藏经中，也有采用本书编辑过程中找出的标点修正，让《阿含经》的句读更为正确。
就校勘符号的标示而言，《大正藏》是以“头标”标示校勘，也就是校勘符号摆在要校勘的字词之前，但现代人所习惯的是“尾标”，也就是校勘符号摆在要校勘的字词之后。本书为符合现代人的阅读习惯，采用“尾标”。
市面上新式标点的佛经，在一般对话中称呼某人时，会使用惊叹号称名，例如“如是，比丘！”这是考量巴利文呼格而有的标点方式。本书编辑时曾考量中文的习惯用法，不拟以惊叹号称名，然由于中文佛教出版界当今几乎都以惊叹号称名，因此决定随顺当今佛教出版界的习惯，使用惊叹号称名。
CBETA标点的规则中，有上引号不必然有对应的下引号，本书也不特别加以修改。
本书若非必要，不修改经文，以保持经文的原貌。校勘皆基于CBETA，若发现《大正藏》有明确经文阙漏、衍文、或错植，也会在与CBETA沟通取得共识后，才会列入校勘、修订经文。
因此虽然如《杂阿含经论会编》以及许多学者有各自主张经文可修订的部分，本书采取较保守的作法，只在有修订的必要性、且确认修订后意义绝对正确者，才加以校勘修订。若有学者所建议之经文修订对于经文意义的理解很有帮助，但该修改不具必要性者，则列入“进阶辨正”之中酌供参照，而不直接修改经文。
在《大正藏》校勘中标示各版藏经不一的部分，由编辑依据前后文义选择最适合者，以方便读者阅读。举例而言，若宋、元、明版藏经皆采用甲字，而大正藏却采用乙字，若文义上用甲字较正确，编辑即会选择甲字，并在校勘标明此处各版藏经的异同。
本书的“对应经典”的原始数据库来自于A Digital Comparative Catalog of Āgama Literature，并由编辑逐一比对suttacentral.net、杂阿含经南北传对读等资源，以及根据读经班的讨论，而作修正。这些数据库又各自参照了姊崎正治、赤沼智善、《杂阿含经论会编》、《佛光阿含藏》等资源，于此不一一介绍。
在“对应经典”的表列上，有以下原则：
目前 Unicode 中文编码收录了许多的罕用字，一般的电脑操作系统已能呈现，另外一些罕用字虽然未被 Unicode 收录，在 Unicode 中也可以找到外形相近的异体字或意义相同的 Big5 通用字。
本书中为方便读者的阅读，罕用字原则上依序采用Big5 通用字、Unicode、Unicode异体字等呈现。其余罕用字则会另行造字呈现，因此在本书中不会见到组字式，此类造字在线上版则会以组字式显示。
下表罗列《杂阿含经》中的罕用字以及各字的 Unicode、极接近的Unicode、通用字：
| 组字式 | Unicode | 极接近的Unicode | 通用字 |
|---|---|---|---|
| [色-巴+鹿] | 麁 | 麤 | |
| [奚*鸟] | 鸡 | 鸡 | |
| [至*鸟] | 鵄 | 鸱 | |
| [斗@(豆*寸)] | 斗 | 斗 | |
| [马*央] | 𩧫 | ||
| [马*丘] | 驱 | 驱 | |
| [饥-几+善] | 膳 | 膳 | |
| [饥-几+芳] | 餝 | ||
| [冰-水+食] | 飡 | 餐 | |
| [焦*页] | 憔 | 憔 | |
| [卒*页] | 悴 | 悴 | |
| [糒-米+韦] | 韛 | ||
| [糒-米+革] | 鞴 | ||
| [隶-木+士] | 隶 | 隶 | |
| [阿-可+登] | 隥 | 磴 | |
| [阿-可+(嶙-山)] | 邻 | 邻 | |
| [门@市] | 闹 | 闹 | |
| [门@下] | 閇 | 闭 | |
| [金*巢] | 鏁 | 锁 | |
| [锱-田+贝] | 锁 | 锁 | |
| [金*俞] | 𨱎 | ||
| [金*本] | 钵 | 钵 | |
| [金*勾] | 钩 | 钩 | |
| [酉*咸] | 醎 | ||
| [这-言+向] | 迥 | 迥 | |
| [身*果] | 裸 | 裸 | |
| [身*冘] | 耽 | 耽 | |
| [跳-兆+辟] | 躃 | 躄 | |
| [跳-兆+翕] | 蹹 | ||
| [跹-(这-言)] | 蹮 | 跹 | |
| [跳-兆+束] | 踈 | 疏 | |
| [言*适] | 谪 | 谪 | |
| [者*见] | 睹 | 睹 | |
| [袖-由+聂] | 襵 | ||
| [虎-儿+丘] | 虗 | 虚 | |
| [卄/(禾*鱼)] | 苏 | 苏 | |
| [卄/果] | 菓 | 果 | |
| [舍*官] | 馆 | 馆 | |
| [月*葛] | 腊 | ||
| [月*逢] | 膖 | ||
| [脚-谷+去] | 脚 | 脚 | |
| [月*劦] | 胁 | 胁 | |
| [罩-卓+绢] | 羂 | 罥 | |
| [罩-卓+讨] | 罚 | 罚 | |
| [彊-弓+糸] | 缰 | 缰 | |
| [米*会] | 糩 | ||
| [米*良] | 粮 | 粮 | |
| [竖-豆+立] | 竖 | 竖 | |
| [立*立] | 并 | 并 | |
| [穴/ㄙ/心] | 窗 | 窗 | |
| [禾*尔] | 穪 | 称 | |
| [石*追] | 磓 | ||
| [目*侯] | 睺 | ||
| [暇-日+目] | 睱 | 暇 | |
| [差-工+目] | 着 | 著 | |
| [病-丙+阴] | 癊 | ||
| [病-丙+亚] | 痖 | 哑 | |
| [病-丙+包] | 疱 | ||
| [疏-(梳-木)+束] | 疏 | 疏 | |
| [尝-旨+甘] | 尝 | 尝 | |
| [王*留] | 瑠 | 琉 | |
| [狂-王+苗] | 猫 | 猫 | |
| [狂-王+者] | 猪 | 猪 | |
| [狂-王+爰] | 猿 | 猿 | |
| [聪-耳+片] | 窗 | 窗 | |
| [火*因] | 烟 | 烟 | |
| [涩-(刃*刃)+止] | 涩 | 涩 | |
| [洗-冼+水] | 冰 | 冰 | |
| [毯-炎+匊] | 毱 | 鞠 | |
| [敌-ㄆ+欠] | 歒 | ||
| [爵-(采-木)+(樊-大)] | 郁 | 郁 | |
| [木*伐] | 筏 | ||
| [日*英] | 暎 | 映 | |
| [民/日] | 昏 | 昏 | |
| [打-丁+秦] | 搸 | ||
| [打-丁+只] | 抧 | ||
| [怡-台+敖] | 慠 | 傲 | |
| [斩/心] | 惭 | 惭 | |
| [怡-台+疾] | 愱 | ||
| [怡-台+吴] | 悮 | 误 | |
| [怡-台+吝] | 悋 | 吝 | |
| [悕-巾+ㄙ] | 吝 | 吝 | |
| [怡-台+在] | 怪 | 怪 | |
| [山/夆] | 峯 | 峰 | |
| [尸@贝] | 屃 | ||
| [虺-虫+王] | 尫 | 尪 | |
| [甚*少] | 鲜 | 鲜 | |
| [兙-十+寸] | 克 | 克 | |
| [女*市] | 姊 | 姊 | |
| [女*石] | 妒 | 妒 | |
| [土*龙] | 垅 | 垄 | |
| [渐/土] | 壍 | 堑 | |
| [土*区] | 𫭟 | ||
| [土*(蒙-卄)] | 塜 | ||
| [泥/土] | 埿 | ||
| [土*反] | 坂 | 阪 | |
| [口*鼻] | 嚊 | ||
| [口*宅] | 咤 | ||
| [口*兄] | 咒 | 咒 | |
| [厂@(豆*寸)] | 厨 | 厨 | |
| [去*ㄗ] | 却 | 却 | |
| [曷-曰] | 匃 | ||
| [来*力] | 敕 | 敕 | |
| [卷*力] | 倦 | ||
| [束*力] | 敕 | 敕 | |
| [交*力] | 效 | 效 | |
| [佥*刃] | 剑 | 剑 | |
| [任/几] | 凭 | 凭 | |
| [冰-水+咸] | 减 | 减 | |
| [冰-水+京] | 凉 | 凉 | |
| [冗-几+且] | 冝 | ||
| [仁-二+妄] | 侫 | 佞 | |
| [毯-炎+参] | 𣯶 | 毵 | |
| [黍-禾+利] | 𪏭 | 黎 | |
| [涧-日+月] | 㵎 | 涧 | |
| [毯-炎+翕] | 𣯾 | 毾 | |
| [月*庸] | 𦟛 | 佣 | |
| [火*(采-木+(〡*日))] | 㷔 | 焰 | |
| [跳-兆+(梳-木)] | 䟽 | 疏 | |
| [旃-丹+冉] | 㫋 | 旃 | |
| [金*矛] | 𨥨 | 矛 | |
| [月*爰] | 䐘 | ||
| [木*翕] | 㯓 | ||
| [木*奈] | 㮈 | ||
| [摽*寸] | 𢷋 | ||
| [少/兔] | 㝹 | ||
| [木*(暴-(日/共)+夭)] | 𣕊 | ||
| [卄/爪] | 𦬔 | ||
| [矛*赞] | 䂎 | ||
| [谷-禾+卵] | 㲉 | ||
| [(壳-一)/牛] | 𤛓 | ||
| [泳-永+臾] | 㳛 | ||
| [卄/梨] | 䔧 | ||
| [跳-兆+散] | 𨅖 | ||
| [卄/积] | 𧂐 | ||
| [佥*殳] | 𣫍 | ||
| [叠*毛] | 㲲 | ||
| [漂*寸] | 㵱 | ||
| [登*毛] | 㲪 | ||
| [麸-夫+少] | 𪎊 | ||
| [八/异] | 兾 | 冀 | |
| [目*丐] | 眄 | 眄 | |
| [(禾*尤)/上/日] | 𥡳 | 稽 | |
| [麸-夫+并] | 䴵 | 饼 | |
| [(ㄇ@(企-止))/ㄙ/月] | 𦊰 | 罥 | |
| [跳-兆+(乏-之+(犮-、))] | 䟦 | 跋 | |
| [跳-兆+专] | 𨄔 | ||
| [麸-夫+广] | 𪍿 | ||
| [示*甫] | 𥙷 | ||
| [少/免] | 㝹 | ||
| [麸-夫+黄] | 䵃 | ||
| [莉-禾+夹] | 𠞦 | ||
| [夕/鹿] | 麤 | ||
| [烈-列+(里*吉)] | 黠 | ||
| [卄/(束*束)] | 蕀 | ||
| [芸/木] | 叶 | ||
| [舟*冗] | |||
| [柯-口+日] | |||
| [跳-兆+尃] | |||
| [火*(暴-(日/共)+夭)] | |||
| [绛-糸+牛] | |||
| [序-予+疑] | |||
| [月*背] | |||
| [谷-(一/禾)+卬] | |||
| [塉-月+目] | |||
| [干-木+禾] | |||
| [目*候] | |||
| [嚝-黄+建] | |||
| [阿-可+鼻] | |||
| [臼/丌] | |||
| [恩-大+夕] | |||
| [序-予+虐] |